Die Lamprechtshöhle ist ein Teil eines großen Höhlen- und Karstsystems, das die Loferer- und Leoganger Steinberge durchzieht. Die Lamprechtshöhle ist vorwiegend an die Schichtgrenze des Dolomitgesteins mit dem rund 400 Meter überlagernden Dachsteinkalk gebunden. Die Schichtgrenze in Kombination mit der meist senkrecht dazu einfallenden Klüftung, bestimmen das Raumbild und bieten die Basis für die Entstehung großer Räume wie den Passauer Dom oder Lamprechtsdom, die durch Gebirgsspannungen immer wieder eingebrochen sind und von Versturzmaterial gerfüllt wurden. Die Anlage der oberen Stockwerke der Lamprechtshöhle erfolgte schon vor ca. 12 Mio. Jahren, die jüngsten Höhlenbereiche im Niveau des heutigen Saalachtales haben wahrscheinlich eiszeitliches Alter (10.000 Jahre).
Die Lamprechtshöhle ist eine aktive wasserführende Höhle, die sich durch die Wirkung der Hochwasser ständig in Veränderung befindet. Die Wasserläufe folgen der Schichtgrenze zwischen Dachsteinkalk und Dolomit und ermöglichten erst dadurch die Erforschbarkeit der Höhle. Die Länge des erforschten Bereiches erstreckt sich mittlerweile auf ca. 50 km. Der Höhenunterschied zwischen dem Eingang im Saalachtal und dem Ausstieg im Ebersbergkar beträgt 1632 m. Die Temperaturen in der Höhle bewegen sich ganzjährig zwischen 5°C und 7°C.
Der erste Durchstieg durch die gesamte Höhle – wenn auch in einzelnen Etappen - gelang im Jahr 1991. Ein Jahr später wurde die erste zusammenhängende Durchsteigung der Höhle vom „Verlorenen-Weg-Schacht zum Höhleneingang im Saalachtal durchgeführt. Einem Team aus polnischen Höhlenforschern gelang es im Jahr 1998 über einen weiteren Zugang in 2296 m Meereshöhe eine Verbindung über den „Vogelschacht“ zur Lamprechtshöhle zu finden." Damit gilt die Lamprechtshöhle derzeit als eine der größten Durchgangshöhlen der Welt.